Просто так он может работать с сообщениями, храня их в памяти телефона. А то, что на сим-карте, скорее всего, осталось от использования предыдущего телефона.
Если всё так, вижу 2 варианта:
— Поискать в настройках и опциях доступ к сообщениям на симке, возможно, они обозначены как сохранённые или архивированные.
— Вставить симку в предыдущий телефон (или попробовать просто другой) и расправиться с смс там.